色譜柱的正確使用和維護十分重要，稍有不慎就會降低柱效，縮短使用壽命甚至損壞.在色譜操作過程中,需要注意下列問題,以維護色譜柱．

①避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動．溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，在閥進樣時訛的轉動不能過緩

②應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然．

③一般說來色譜柱不能反沖，只有生產者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去柱關的雜質．否則反沖會迅速降低柱效．

④選擇使用適宜的流動相（尤其是PH），以避免固定相被破壞．有時可以在進樣器前面連接一預柱，分析柱是鍵合硅膠，預柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠＂飽和＂，避免分析柱中的硅膠基質被溶解．

⑤避免將基質復雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱骨需要對樣品進行預處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一保護柱．保護柱一般是填有固定相的短柱．保護柱可以而且應該經常更換．

⑥經常用強溶劑沖洗色譜柱，清除保留在柱內的雜質，在進行清洗時，對流路系統中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右，即常規分析需要50-75ｍｌ。

⑦保存色譜柱時應將柱內充滿乙腈或甲醇，柱接頭要擰緊，防止溶劑揮發干燥。禁止將緩沖溶液留在柱內靜置過夜或更長時間。

⑧色譜柱使用過程中，如果壓力升高，一種可能是燒結濾片被堵塞，這時應更換濾片或將其取出進行清洗；另一種可能是大分子進入柱內，使柱頭被污染；如果柱效降低或色譜峰變形，則可能柱頭出現塌陷，死體積增大。

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