液相色譜柱使用前應仔細閱讀說明書，注意色譜柱的使用溫度、pH值范圍、所用緩沖鹽的種類等。

1、新色譜柱在使用前，先用純甲醇在254nm波長下處理，直至基線沖平為止，然后用甲醇:水=10:90（V:V）沖柱子，直到基線沖平為止。

2、一般反相色譜柱使用方法：先以甲醇:水=10:90（V:V）沖洗柱子45分鐘，再換上流動相平衡45分鐘，根據基線情況進樣（基線漂移不符合要求時應延長平衡時間），分析樣品完畢，流動相繼續20分鐘（或20分鐘又上），使用緩沖鹽（或含鹽）作流動相，應用不含緩沖鹽（作同量的水代替緩沖鹽）的流動相沖洗色譜柱，使色譜柱中的鹽*洗掉。再換上甲醇:水=10:90（V:V）沖洗柱子45～60分鐘，然后再用100%甲醇沖40分鐘，再放置保存。

注意：不能用純有機溶劑直接沖洗色譜柱，防止鹽析出，堵塞色譜柱或儀器管路，而使色譜柱報廢。

3、一般正相色譜柱使用方法：zui常用的流動相是水和乙腈混合物。先用乙腈:水=85:15(V:V)沖洗柱子45分鐘，再換上流動相平衡45分鐘，根據基線情況進樣（基線漂移嚴重應延長平衡時間），分析樣品完畢，流動相繼續20分鐘（或20分鐘以上），再換上乙腈:水=85:15（V:V）沖洗柱子45～60分鐘，放置保存。

4、特殊色譜柱（手性柱或異構體柱子）使用時，除仔細閱讀說明書外，還需向所購買單位詳細咨詢使用方法及注意事項，確認無誤后，方可使用。

5、在替換溶劑時，應確保系統和色譜柱中的溶劑與新溶劑互溶。如果兩種溶劑互溶性和物理性質未知，可以把兩種溶劑倒在燒杯中觀察，以避免直接進入HPLC系統可能出現不互溶的問題。

6、對于反相柱，長期保存色譜柱時應將柱內充滿乙腈或甲醇，柱接頭要擰緊，防止溶劑揮發干燥。禁止將緩沖溶液留在柱內靜置過夜或更長時間。正相柱可以儲存于嚴格脫水后的純正已烷中，儲存的溫度按照說明書要求儲存。

7、柱子在裝卸、更換時，動作要輕，接頭擰緊要適度。必須防止較強的機械振動，以免柱床產生空隙。

8、避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動。溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會影響柱內填料狀態，因此在調節流速時應該緩慢進行。

9、應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜柱中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。

10、如使用柱溫控制裝置時，應注意在通入流動相后才能升溫。溫度波動會引起色譜峰漂移并產生多種影響。使用色譜柱時，保持柱溫恒定非常重要。填料粒度不同也是選擇和考慮色譜柱使用溫度的因素之一。粒徑小于5μm的填料在溫度升高時柱床更容易塌陷，使柱效下降。如果運用得當，柱溫也是改善色譜分離的一個有效辦法，降溫可以增加保留時間、提高選擇性和分離度等，升溫則相反。

11、一般色譜柱不能反沖，只有生產者指明該柱可以反沖時，才可以反沖。

12、色譜柱使用過程中，如果壓力升高，一種可能是燒結濾片被堵塞，這時應更換濾片或將其取出進行清洗；另一種可能是大分子進入柱內，使柱頭被污染；如果柱效降低或色譜峰變形，則可能柱頭出現塌陷，死體積增大。